Eine Szintigraphie der Speiseröhre kann die Beweglichkeit und den Bewegungsablauf dieses Organs darstellen. Dies spielt z.B. beim Schweregrad der Sklerodermie eine wichtige Rolle. Außerdem kann der Verschluss-Mechanismus zwischen Speiseröhre und Magen untersucht werden.
Eine Szintigraphie des Magens lässt den Untersucher Entleerungsstörungen des Magens erkennen.
Eine weitere Szintigraphie dient der Suche nach einer versteckten Blutung im Magen-Darm-Trakt.
Der sogenannte Gallenresorptionstest kann bei chronisch verlaufenden Durchfallerkrankungen und bei Verdacht auf Störungen der Gallenwiederaufnahme angezeigt sein.